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Edição das 11h26min de 10 de abril de 2018
Vá até a pasta anterior ao diretório raiz do Magento.
Primeiro, comprima a pasta do projeto rodando:
zip -r myfiles.zip mydir
Passando o nome do arquivo comprimido (myfiles.zip) e o diretório que deseja comprimir (mydir). Ao passar o parâmetro -r ele irá varrer todas os subdiretórios da pasta que você informou.
Após isso basta baixar via SFTP pelo FileZilla o arquivo .zip que você acabou de gerar.