BACKUP

Vá até a pasta anterior ao diretório raiz do Magento.

Primeiro, comprima a pasta do projeto rodando:

zip -r myfiles.zip mydir

Passando o nome do arquivo comprimido myfiles.zip e o diretório que deseja comprimir mydir. Ao passar o parâmetro -r ele irá varrer todas os subdiretórios da pasta que você informou.

Após isso basta baixar via SFTP pelo FileZilla o arquivo .zip que você acabou de gerar.