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Primeiro, comprima a pasta do projeto rodando:

zip -r myfiles.zip mydir

Passando o nome do arquivo comprimido (myfiles.zip) e o diretório que deseja comprimir (mydir). Ao passar o parâmetro -r ele irá varrer todas os subdiretórios da pasta que você informou.

Após isso basta baixar via SFTP pelo FileZilla o arquivo .zip que você acabou de gerar.